Struktur Organisasi di Pondok Pesantren Mawaridussalam

Lembaga tertinggi dalam organisasi Pondok Pesantren Mawaridussalam Deli Serdang adalah Nazhir Wakaf. Nazhir Wakaf adalah semacam badan legislatif, berfungsi sebagai pemangku wakaf dan berperan menjaga serta menyuburkan wakaf Pondok Pesantren Mawaridussalam. Sementara untuk pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren, Nazhir Wakaf membentuk Majelis Pimpinan, yang berperan sebagai mandataris Nazhir Wakaf.
Majelis Pimpinan ini merupakan Majelis Pengasuh Pondok Pesantren Mawaridussalam, semacam badan eksekutif yang beranggotakan 5 orang, bertanggungjawab terhadap operasional keseharian pelaksanaan pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Mawaridussalam, dibantu oleh eselon satu yaitu anggota super tim pendiri Pondok Pesantren Mawaridussalam, eselon dua, semua guru dan karyawan. Selain memimpin bidang-bidang yang ada dalam Pondok Pesantren, Majelis Pengasuh/Pimpinan juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Pondok Pesantren Mawaridussalam. Adapun bidang-bidang yang ada di Pondok Pesantren Mawaridussalam adalah sebagai berikut:

1. Bidang Pendidikan; yang mengkoordinir pelaksanaan pengajaran melalui program KMI (Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah), MTs, MA, Labikif, Lab. Bahasa dan PAUD.
2. Bidang Pengasuhan yang mengurusi kepengasuhan santri/wati khususnya bidang ekstra kurikuler dengan biro-biro; Pengasuhan putra dan putri, Ibadah, Akhlak dan Pembinaan Alqur’an, Muhadharah, Bahasa, Ekstra Kurikuler dan Pramuka.
3. Bidang Penelitian dan Pengembangan dengan biro-biro; Pengembangan Minat dan Bakat (PMB), Perpustakaan, Sylabus dan Kaderisasi.
4. Bidang Kesejahteraan yang mengurusi kesejahteraan guru, santri/wati dan karyawan, yang meliputi biro; Pembangunan, Konsumsi dan Kesehatan yang bertanggungjawab dalam pengelolaan Balai Pengobatan Santri dan Masyarakat (BPSM).
5. Bidang Usaha Milik Pondok Pesantren (BUMP) yang bertanggungjawab mengelola semua unit usaha yang dimiliki oleh Pondok Pesantren, baik dikelola oleh santri/wati maupun guru. Beberapa unit usaha saat ini adalah; Toko Pelajar, Warung Pelajar, Wartel, Studio Foto dan Binatu.
6. Bidang wadah pemersatu para alumni yang disebut Ikatan Keluarga Pondok Pesantren Mawaridussalam (IKMAS).